IZPITNA VPRAŠANJA – OSNOVE MIKROBIOLOGIJE
Biologi, II. letnik

Mikrobiologija in mikroorganizmi
·       Mikroorganizmi kot celice
·       Glavne značilnosti žive celice. Katere od teh lastnosti imajo vse žive
celice? Katere imajo samo določeni tipi celic?
·       Rast, mutacije in evolucija mikrobnih celic
·       Naštej 4 vrste celičnih makromolekul
·       Kateri so glavni kemijski elementi, ki jih najdemo v živih celicah?
·       Koliko genov vsebuje tipična bakterijska celica?
·       Primerjaj prokariontsko in evkariontsko celico – glavne podobnosti in
razlike
·       Mikrobna diverziteta – znane in neznane vrste mikroorganizmov. Ocena
števila neznanih vrst bakterij. Na čem temelji? Oznaka nekultivabilnih
organizmov
·       Naštej nekaj vplivov mikroorganizmov na človeka
·       Zakaj   so mikroorganizmi pomembni v živilski in agronomski industriji?
·       Zakaj so mikroorganizmi pomembni v biotehnološki industriji?
·       Zakaj so mikroorganizmi za znanost posebno uporabni?
·       Glavni razlogi umrljivosti na začetku stoletja in danes. Zakaj so
razlike?
·       Naštej in opiši bazične mikrobiološke vede
·       Naštej in opiši aplikativne mikrobiološke vede
·       Kakšne so industrijske uporabe mikroorganizmov?
·       Na kratko razložite pomen mikroorganizmv na naslednjih področjih:
·       Biološki nadzor škodljivcev
·       Recikliranje elementov
·       Normalna flora
·       Obdelava odpadkov
·       Produkcija humanega inzulina
·       Produkcija cepiv

Zgodovina mikrobiologije
·       Prva opazovanja mikrobov
·       Spontana generacija in razvoj mikrobiologije
·       Kako je znani Pasteurjev eksperiment prepričal zagovornike spontane
generacije?
·       Najpomembnejši Pasteurjevi prispevki mikrobiologiji
·       Najpomembnejši Kochovi prispevki mikrobiologiji
·       Prednosti trdih gojišč pred tekočimi in agarja pred želatino. Kdo jih
je prvi odkril?
·       Kochovi postulati
·       Odkritelj povzročitelja tuberkuloze in katere mikrobiološke tehnike so
omogočile to odkritje?
·       Odkritje vakcine proti črnim kozam
·       Odkritje vakcine proti steklini
·       Odkritje prvega kemoterapevtskega agensa
·       Odkritje sulfonamidov
·       Odkritje prvega antibiotika
·       Kemiozmotska teorija Petra Mitchella
·       Najpomembnejša odkritja  Beijerincka in Winogradskega
·       Glavne razlike v razvoju mikrobiologije pred in po drugi svetovni vojni
·       Katero odkritje je spodbudilo razvoj industrijske mikrobiologije?

Mikroskopija
·       Priprava vzorcev za svetlobno mikroskopijo
·       Fiksiranje preparatov
·       Barvanje preparatov – različne tehnike
·       Enostavna barvila
·       Diferencialna barvila
·       V kakšnem primeru je najbolje uporabiti:
·       Enostavno barvilo
·       Diferencialno barvilo
·       Negativno barvilo
·       Flagelarno barvilo
·       Zakaj se kationska barvila uporabljajo za splošno obarvanje mikrobnih
celic?
·       Kakšne barve je Gram negativna bakterija po barvanju po Gramu?
·       Na čem temeljijo razlike v obarvanosti celic po Gramu?
·       Zakaj alkohol zlahka razbarva Gram negativne bakterije?
·       Kakšnen je namen barvanja preparatov pri svetlobni mikroskopiji?
·       Katere mikroskopske tehnike lahko včasih izboljšajo resolucijo?
·       Razložite pojme resolucija, numerična apertura, povečava
·       Katera je zgornja meja ločljivosti za svetlobni mikroskop?
·       Opišite način delovanja fluorescentnega mikroskopa
·       Opišite način delovanja faznokontrastnega  mikroskopa
·       Opišite način delovanja  mikroskopa s temnim poljem
·       Opišite način delovanja transmisijskega elektronskega  mikroskopa
·       Opišite način delovanja vrstičnega (SCAN) elektronskega mikroskopa
·       Katere so glavne pomankljivosti elektronskega mikroskopa v primerjavi s
svetlobnim?
·       Katere so glavne prednosti elektronskega mikroskopa v primerjavi s
svetlobnim?
·       Kateri tip  mikroskopa bi uporabili za opazovanje tridimenzionalne
strukture celic?
·       Kateri tip elektronskega mikroskopa bi uporabili za opazovanje
bakterijskega nukleoida?
·       Kateri tip elektronskega mikroskopa bi uporabili za opazovanje
bakterijskih bičkov?
·       Kaj je elektronska mikrografija?
·       Glavne značilnosti konfokalne mikroskopije

Funkcionalna anatomija  prokariontske celice
·       Morfologija prokariontskih celic – nariši jih
·       Nariši glavne morfološke tipe bakterijskih celic
·       Velikost mikrobnih celic
·       Katera fizikalna lastnost celic se poveča, ko se celice zmanjšujejo?
·       Nariši osnovno strukturo celične membrane
·       Razlike v sestavi peptidoglikana pri Gram negativnih in Gram pozitivnih
bakterijah
·       Zakaj je peptidoglikan tako močna makromolekula?
·       Osnovna enota peptidoglikanske celične stene
·       Monomerne sestavine peptidoglikana
·       Razlika med evbakterijsko  in arhebakterijsko celično steno
·       Opiši periplazemski prostor in njegovo funkcijo
·       Kaj je transpeptidacija in zakaj je pomembna?
·       Opiši sintezo celične stene pri delitvi bakterij
·       Funkcija baktoprenola
·       Tako lizocim kot penicilin povzročita lizo bakterijske celice. Opišite
razlike v načinu delovanja ene in druge snovi.
·       Nastanek in lastnosti protoplastov
·       Zakaj lahko saharoza stabilizira bakterijsko celico obdelano z
lizocimom in prepreči njeno lizo?
·       Kakšne so podobnosti oz. razlike med peptidoglikanom in
pseudopeptidoglikanom?
·       Opiši netipične celične stene arhej
·       Opiši S plast
·       Kaj so teihoične kisline in kje se nahajajo?
·       Sestava lipopolisaharidne plasti (LPS) v celični steni Gram negativnih
bakterij
·       Različne funkcije lipopolisaharidne plasti (LPS) v celični steni Gram
negativnih bakterij
·       Endotoksini Gram negativnih bakterij
·       Kakšna je funkcija porinov in kje se nahajajo?
·       Glikokaliks pri bakterijah – pomen in sestava
·       Razlike med evbakterijsko  in arhebakterijsko membrano
·       Glavne značilnosti lipidov v membranah arhebakterij
·       Glavne značilnosti lipidov v membranah bakterij
·       Kakšno vlogo imajo v membranah molekule kot so steroli in hopanoidi?
Pri katerih organizmih se pojavljajo?
·       Posebnosti citoplazemske membrane pri mikoplazmah
·       Zakaj ionizirane molekule ne prehajajo zlahka skozi membrano? Kako jo
preidejo?
·       Delovanje membranskih transportnih proteinov
·       Zakaj so potrebni transportni proteini?
·       Zakaj celice ne morejo pridobiti hranil samo s pomočjo difuzije?
·       Katere snovi lahko prehajajajo v celico pasivno?
·       Prehod snovi skozi citoplazemsko mebrano – principi
·       Razlike med aktivnim in pasivnim transportom
·       Opiši skupinsko translokacijo glukoze
·       Opiši ABC transportni sistem
·       Opiši transport snovi s permeazami
·       Glavne strukturne komponente treh glavnih tipov aktivnega transporta
snovi
·       Primerjaj tri tipe aktivnega transporta glede na kemijske spremembe
transportirane molekule
·       Energetske zahteve treh glavnih tipov aktivnega transporta snovi
·       Kateri transportni sistem je najprimernejši za transport hranil, ki se
v okolju nahajajo v zelo majhnih količinah? Zakaj?
·       Katere tipe vključkov najdemo v bakterijskih celicah?
·       Plinski vezikli – sestava in pomen
·       Magnetosomi – kaj so, iz česa so in kakšne lastnosti celice z njimi
pridobijo?
·       Rezervne snovi pri bakterijah
·       PHB vključki
·       Karboksisomi
·       Razlike med bakterijskimi vključki in organeli
·       Opis kromosoma bakterij
·       Kaj je nukleoid?
·       Kaj je bakterijski kromosom? Koliko kromosomov ima bakterijska celica?
·       Genetske izmenjave pri prokariontih
·       Kako se bakterijski kromosom razlikuje od kromosoma v evkariontski
celici?
·       Bakterijska endospora – zgradba in pomen za bakterije.
·       Bakterijska endospora – zgradba in pomen za ljudi.
·       Sporulacija
·       Opiši sporangij bakterijske celice
·       Kaj je dipikolinska kislina in kje jo najdemo?
·       Kaj so SASP in kakšna je nihova funkcija?
·       Kaj se zgodi, ko endospora začne kaliti?
·       Razlike med endosporo in vegetativno celico v strukturi, kemijski
sestavi in odpornosti na skrajnostne pogoje
·       Primerjaj zgradbo prokariontske in evkariontske celice
·       Glavne razlike med evbakterijami in arhebakterijami
·       Glavne podobnosti med evbakterijami in arhebakterijami

Gibanje mikroorganizmov
·       Načini gibanja bakterij
·       Razlika med bakterijskim in evkariontskim bičkom
·       Razporeditev bičkov pri bakterijah
·       Peritrihnost
·       Struktura bičkov pri bakterijah
·       Kemijska sestava bakterijskega bička
·       Kaj je flagelin in kje ga najdemo?
·       Kaj je energetski vir za delovanje bička?
·       Kako bakterijski biček premika celico naprej?
·       Način gibanja bička in premikanje bakterij
·       Gibanje bakterij in taksija
·       Fototaksija
·       Bakterijska kemotaksija
·       Kako bakterija zaznava prisotnost atraktanta v okolju?
·       Kako se fimbrije razlikujejo od pilov  strukturno kot tudi funkcionalno?

Metabolizem
·       Razlika med katabolizmom in anabolizmom
·       Razloži pojme avtotrof, heterotrof, fototrof, litotrof in organotrof in
za vsak pojem navedi po  en primer.
·       Anoksigena fotosinteza – glavne značilnosti
·       Primerjaj oksigeno in anoksigeno fotosintezo
·       Razlike med bakterioklorfilom in klorofilom
·       Kje se nahajajajo bakterioklorofili?
·       Zakaj se morajo klorofilni pigmenti nahajati v membranah?
·       Opiši organizacijo reakcijskega centra v bakterijskih fotosintetskih
kompleksih
·       Kakšna je razlika med antenskimi pigmenti in tistimi v reakcijskem
centru? Katerih je več?
·       Kaj je fotofosforilacija
·       Akcesorni pigmenti
·       Kemolitotrofija – princip in primeri
·       Kako se kemoorganotrofi razlikujejo od kemolitotrofov kar se tiče vira
energije?
·       Zakaj kemolitotrofi uporabljajo določene anorganske substance?
·       Zakaj oksidacija H2 doprinese več energije, če je akceptor elektronov
O2 kot pa, če je SO42- ?
·       Kakšna je vloga encima hidrogenaza?
·       Kako pridobijo žveplove kemolitotrofne bakterije ogljik za
celično rast?
·       Zakaj se večina oksidacij železa v naravi dogaja pri kislih pogojih?
·       Kako se lahko železo oksidira anoksično?
·       Zakaj je večina mikroorganizmov, ki oksidirajo Fe acidofilnih in
aerobnih?
·       Kateri donor elektronov uporabljajo bakterije rodu Nitrosomonas?
Katerega pa rod Nitrobacter?
·       Kaj uporabljajo nitrificirajoče bakterije kot vir ogljika in kaj kot
donor elektonov?
·       Kaj je anamoks reakcija?
·       Kako lahko prokarionti v anaerobnem okolju pridobivajo energijo? Kako
nastaja ATP?
·       Komponente sistema za prenos elektronov
·       Protonska gibalna sila in oksidativna fosforilacija
·       Opiši reverzni tok elektronov in zakaj je potreben?
·       Zakaj lahko rečemo, da sta protonska gibalna sila in ATP različni
energetski obliki, ki lahko prehajata ena v drugo?
·       Kako transport elektronov preko prenašalnih proteinov povzroči
protonsko gibalno silo?
·       Katera struktura v celici prevede protonsko gibalno silo v ATP?
·       Nastajanje in funkcija ATP pri bakterijah
·       Bakterijska fiksacija ogljika
·       Kaj je vir C pri avtotrofnih organizmih?
·       Kratek opis Calvinovega cikla
·       Kaj je miksotrof?
·       Pomen kisika kot terminalnega akceptorja elektronov za aerobne in
anaerobne bakterije
·       Anaerobna respiracija – glavni tipi
·       Zakaj se pri aerobni respiraciji sprosti več energije kot pri
denitrifikaciji?
·       Kaj je denitrifikacija?
·       Primerjaj nitrifikacijo in denitrifikacijo kar se tiče vpletenosti
mikrobov, pogojev v okolju, ki favorizirajo posamezen proces in spremembe v
dostopnosti hraniv, ki spremljajo posamezen proces
·       Katera substanca je odsotna pri katabolizi glukoze med fermentacijo, ki
pa je potrebna pri aerobni respiraciji?
·       Razlika med metanogenezo in acetogenezo
·       Definiraj pojem fermentacija in navedi primer fermentacijksega
produkta, ki ga uporabljamo ljudje
·       Kako se fermentacija razlikuje od respiracije?
·       Opiši fosforilacijo na nivoju substrata
·       Kako se fermentacija oz. respiracija razlikujeta glede na sintezo ATP?
·       Pri katerih reakcijah glikolize so vpletene oksidoredukcijske reakcije?
·       Pri katerih reakcijah glikolize niso vpletene oksidoredukcijske
reakcije?
·       Kakšna je vloga NAD+ pri glikolizi?
·       Koliko molekul CO2 in H2 se sprosti na porabljen acetat med ciklom
citronske kisline?
·       Kateri skupni vlogi imata glikoliza in cikel citronske  kisline?
·       Zakaj lahko med glikolizo nastane 8 ATP med fermentacijo pa samo 2?
·       Koliko ATP nastane med ciklusom citronske kisline?

·       Ekologija
·       Kaj je mikrobni habitat?
·       Razloži pojme populacija, habitat, združba, ekosistem
·       Kateri parametri definirajo nišo posameznega mikroorganizma?
·       Kako mikrobi spreminjajajo kemijske in fizikalne karakteristike okolja?
·       Kaj je kometabolizem? Navedi primer.
·       Bakterijski biofilmi – nastanek in pomen v zdravstvu in tehnologiji
·       Bakterijski biofilmi – nastanek in pomen v naravi
·       Mikrobne odeje
·       Fiksacija dušika
·       Ekologija fotosintetskih bakterij
·       Metode za ugotavljanje biodiverzitete mikroorganizmov v naravi
·       Metode za ugotavljanje velikosti bakterijske populacije v naravi
·       Primerjaj rast bakterij v laboratoriju in v naravi
·       Ekološke meritve mikrobne aktivnosti z radioizotopi
·       Katere so glavne prednosti metod, ki temeljijo na uporabi
radioizotopov, za določanje mikrobne aktivnosti? Kakšno vrsto kontrole je
potrebno vključiti v poskus inkorporacije 14CO2 pri fototrofnih bakterijah ali
pa redukcije 35SO42- pri sulfat reducirajočih bakterijah?
·       Kako nam lahko sestava oz. razmerje  12C/13C v neki snovi pove ali je
snov biološkega ali nebiološkega izvora?
·       Zakaj so sulfidi po izvoru  iz meseca po izotopski sestavi težki?
·       Opiši princip delovanja FISH metode
·       Opiši uporabo fluorescentnih barvil za  določitev števila in vrstne
sestave mikroorganizmov v naravnem  vzorcu
·       Ali je določanje populacije mikroorganizmov z oligonukleotidnimi
sondami enako natančno kot gojenje mikroorganizmov v laboratoriju? Kakšne so
prednosti in pomankljivosti te metode v primerjavi z gojenjem?
·       Meritve z mikroelektrodami
·       Laserska pinceta – opis in način uporabe
·       Obogatitvena kultura – princip in primer
·       Bakterije v rudarstvu
·       Kaj je biogeokemijski ciklus elementa v naravi?
·       Razlika med mineralnimi tlemi in organskimi tlemi
·       Zakaj lahko iz istega talnega vzorca izoliramo  obligatno anaerobne
bakterije kot tudi aerobne bakterije?
·       Opiši princip kolone po Winogradskem.  Za obogatitev katerih
mikroorganizmov jo predvsem uporabljamo?
·       Kako lahko uporabimo Winogradski kolono za proučevanje razgradnje
ksenobiotikov?
·       Kaj so ksenobiotiki in zakaj jih mikroorganizmi večinoma težko
razgrajujejo?

Rast mikroorganizmov
·       Definiraj mikrobno rast
·       Kaj je binarna fisija?
·       Zakaj se mora bakterijski kromososm podvojiti pred binarno fisijo?
·       Hitrost rasti mikroorganizmov
·       Definiraj generacijski čas
·       Zakaj prikazjemo rast mikroorganizmov semilogaritemsko?
·       Rastni ciklus bakterijske populacije v zaprtem sistemu
·       Lag faza
·       Kdaj običajno ne pride do lag faze?
·       Eksponentna faza
·       Stacionarna faza
·       Zakaj celice vstopijo v stacionarno fazo?
·       Metode za ugotavljanje velikosti bakterijske biomase v tekočem gojišču
v laboratoriju
·       Metode za ugotavljanje velikosti bakterijske populacije na trdnem
gojišču v laboratoriju
·       Kako določamo bakterijsko biomaso spektrofotometrično?
·       Direktno štetje mikroorganizmov na ploščah
·       Kemostat  - kako nadzorujemo hitrost rasti mikroorganizmov?
·       V katerih ekstremnih okoljih živijo prokarionti? Kako pridobivajo
energijo?
·       Fizikalnokemijski pogoji, ki vplivajo na rast mikroorganizmov
·       Vpliv dejavnikov okolja na rast mikroorganizmov – temperatura
·       Kardinalne temperature za E.coli? Zakaj lahko raste pri višjih
temperaturah v kompleksnem kot v definiranem gojišču?
·       V čem se hipertermofilni mikroorganizem  razlikuje od psihrofila?
·       Katere so približne kardinalne točke psihrofilov, mezofilov, termofilov
in hipertermofilov?
·       Primerjaj sestavo lipidov v membranah pri psihrofilnih in terofilnih
mikroorganizmih.
·       V katerih okoljih lahko pričakujemo psihrofile? Kakšen je njihov
biotehnološki potencijal?
·       Adaptacije na membranah psihrofilov. Zakaj so potrebne?
·       Kako se psihrotoleranten organizem razlikuje od psihrofilnega?
·       V katerih okoljih lahko pričakujemo termofile in hipertermofile? Kakšen
je njihov biotehnološki potencijal?
·       Strukturne prilagoditve membran hipertermofilnih arhej
·       Prilagoditve hipertermofilov na proteinskem nivoju
·       V katerih okoljih lahko pričakujemo barofile?
·       Molekularne prilagoditve barofilnih mkrobov
·       Simbioza med bakterijami in g. Pogonophora
·       Adaptacije mikroorganizmov na rast v velikih morskih globinah, ob
tektonskih špranjah iz katerih izhaja magma
·       Vpliv nizkega oz. visokega pH okolja na rast mikroorganizmov. Naštej
nekaj tipičnih habitatov
·       Heliocobacter pylori
·       Vpliv vodne aktivnosti okolja na rast mikroorganizmov. Naštej nekaj
tipičnih habitatov
·       Kompatibilni topljenci v celicah – katere tipe poznamo in zakaj so
potrebni?
·       Toksični radikali kisika in encimi, ki jih inaktivirajo
·       Bakterije in njihov odnos do kisika
·       Kako superoksid dizmutaza ščiti celico?
·       Kaj morajo vsebovati gojišča  za gojenje mikroorganizmov v
laboratorijskih razmerah?
·       Makronutrienti
·       Mikronutrienti
·       Rastni faktorji
·       Zakaj element kot kobalt uvrščamo med  mikronutriente, dočim elemente
kot C uvrščamo med  makronutriente?
·       Razlika med kompleksnimi gojišči in kemijsko definiranimi gojišči.
·       Zakaj je rutinsko gojenje mlečnokislinskih bakterij enostavnejše v
kompleksnem mediju kot v kemijsko definiranem mediju?
·       Glavni viri C v naravi, v laboratoriju in v industrijskem merilu
·       Glavni viri N v naravi, v laboratoriju in v industrijskem merilu
·       V katerih dveh tipih makromolekul se nahaja večina N  v celici?
·       Glavni viri S v naravi, v laboratoriju in v industrijskem merilu
·       Glavni viri P v naravi, v laboratoriju in v industrijskem merilu
·       Kako bakterije pridobijo Fe iz okolja in kakšno vlogo ima Fe pri
celičnem metabolizmu?

Nadzor rasti mikroorganizmov
·       Kaj pomeni sterilno? Kaj bi se zgodilo, če gojišča ne bi bila
sterilizirana?
·       Fizikalne metode za nadzor rasti mikroorganizmov
·       Kemijske metode za nadzor rasti mikroorganizmov
·       Razloži pojme sterilizacija, dezinfekcija in pasterizacija
·       Razloži razliko med dezinfektantom in antiseptikom in naštej nekaj
primerov
·       Sterilizacija s toploto – mehanizem delovanja
·       Sterilizacija z ionizirajočim sevanjem in katere vire uporabljamo
·       Tipi filtrov, ki se uporabljajo za sterilizacijo
·       Merjenje antimikrobne aktivnosti
·       Razloži pojme bakteriociden, bakteriostatičen in bakeriolitičen agens
·       Rastni analogi – princip delovanja in primer
·       Biokemijske osnove poglavitnih tipov rezistence proti antibiotikom
·       Genetske osnove poglavitnih tipov rezistence proti antibiotikom
·       Prenos rezistence za antibiotike
·       Kakšen naj bi bil idealen antibiotik?
·       Mehanizmi delovanja poglavitnih skupin antibiotikov
·       Delovanje beta laktamskih antibiotikov
·       Delovanje glikozidnih antibiotikov
·       Antibiotiki, ki zavirajo sintezo celične stene
·       Razloži razliko med širokospektralnim in ozkospektralnim antibiotikom
in navedi primer
·       Nadzor rasti virusov
·       Zakaj ne poznamo antivirusnih antibiotikov?
·       Interferoni
·       Zakaj obstaja le malo klinično uspešnih antiglivnih antibiotikov?

Industrijska mikrobiologija
·       Definicija biotehnologije
·       Opiši bioreaktor
·       Razlike med rastjo v zaprtem sistemu in rastjo v kontinuirni kulturi
·       Kontinuirna fermentacija – navedi primer
·       Šaržna fermentacija – navedi primer
·       Lastnosti industrijskih mikroorganizmov
·       Naštej tipe produktov, ki jih pridobivamo z industrijsko mikrobiologijo
·       Razloži pojem fermentacija pri industrijski mikrobiologiji
·       Razloži razliko med primarnim in sekundarnim metabolitom in navedi
primer
·       Kakšne so glavne razlike pri biotehnološkem pridobivanju primarnega oz.
sekundarnega metabolita?
·       Razloži razliko med trofofazo in idiofazo
·       Je penicilin primaren ali sekundaren metabolit? Zakaj?
·       Kateri tip metabolitov – primarni ali sekundarni – lahko lažje
proizvajamo v velikih količnah?
·       Kako prezračujemo med fermentacijskim procesom v fermentorju in zakaj
je to potrebno?

Evolucija, sistematika in taksonomija
·       Argumenti za bakterijsko poreklo mitohondrijev in kloroplastov
·       Endosimbioza
·       RNA oblike življenja
·       Kaj so stromatoliti?
·       Koliko je zemlja stara? Koliko so stari najstarejši mikrobni fosili?
·       Kakšna je današnja zemeljska atmosfera v primerjavi z atmosfero “mlade”
zemlje?
·       Kako so nastale prve organske snovi na zemlji?
·       Kateri dokazi podpirajo obstoj “RNA življenja” na zemlji in zakaj te
oblike življenja niso preživele do današnjih dni?
·       Katere prednosti ima replikacija, ki temelji na DNA, RNA in proteinih
pred RNA oblikami življenja?
·       Kako so lahko prve celice  pridobivale energijo iz FeS+H2S?
·       Lastnosti prvih celic
·       Kakšen tip metabolizma so najverjetneje imele prve oblike življenja na
zemlji?
·       Kaj je autotrofija?
·       Zakaj se je razvilo evkariontsko jedro?
·       Kakšni so dokazi, da so bile na zemlji milijarde let pred
evkariontskimi oblikami življenja prisotne prokariontske oblike življenja?
·       Katere lastnosti so morali imeti primitivni mikroorganizmi, da so se
lahko replicirali?
·       Kašne ekološke in evolucijske prednosti imajo prokarionti v primerjavi
z evkarionti?
·       Katere glavne fiziološke in biokemijske lastnosti so skupne
arhebakterijam in evkariontom? Katere arhebakterijam in bakterijam?
·       Kaj predstavlja evolucijska razdalja v filogenetskem drevesu?
·       Oligonukleotidna sonda in princip delovanja
·       Princip FISH
·       Različne variante FISH tehnike, i se uporabljajo v mikrobni ekologiji
·       Filogenija mikroorganizmov – tehnike proučevanja
·       Kaj je podpisna sekvenca?
·       Lastnosti 16SrRNA kot filogenetskega kronometra
·       Zakaj je ribosomska RNA dober evolucijski kronometer?
·       Zakaj so rRNA bolj primerne molekule za filogenetske študije kot
proteini, npr. feredoksin, citokromi ali specifični encimi?
·       Definicija  bakterijske vrste
·       Na kratko opiši univerzalno drevo življenja
·       Evolucijski kronometri
·       Katera glavna evolucijska odkritja je prineslo proučevanje rRNA
sekvenc? Kako so te ugotovitve spremenile klasičen pogled na evolucijo? Kako so
spremenile naša razmišljanja o izvoru evkariontskih organizmov?
·       Zakaj fenotipske karakteristike niso primerne za določanje evolucijskih
odnosov med organizmi?
·       Genomske metode in njihov pomen za klasifikacijo prokariontov
·       Klasifikacija bakterij- taksonomski in filogenetski pristop
·       Kako lahko označimo oligonukleotidne sonde, da postanejo vidne pod
mikroskopom ali drugače?
·       Zakaj so rezultati analiz mikrobnih združb lahko zelo presenetljivi?
·       Na čem temelji konstruiranje specifičnih sond, ki ločujejo arheje od
bakterij?
·       Kako se znanstveni disciplini taksonomija in filogenija ločita med
seboj?
·       Kakšni so moderni pristopi k taksonomiji bakterij?
·       Na katerih kriterijih  temelji  klasična bakterijska taksonomija?
·       Naštej fenotipske kriterije, ki se upoštevajo pri bakterijski
taksonomiji
·       Naštej in na kratko opiši nekaj molekularnih taksonomskih metod, ki se
uporabljajo za identifikacijo bakterij
·       Definiraj bakterijsko vrsto
·       Naštej in na kratko opiši nekaj biokemijskih metod, ki se uporabljajo
za identifikacijo bakterij

Virusi
·       Splošne karakteristike virusov
·       Zgradba virusov
·       Kapsida
·       Virusna simetrija
·       Virusi z ovojnico
·       Kompleksni virusi
·       Kaj je bakteriofag?
·       Zgradba bakteriofaga
·       Virusne nukleinske kisline
·       Kaj pomeni pozitivna oznaka virusne nukleinske kisline?
·       Virusna m RNA
·       Kako virus spremeni funkcijo celice?
·       Definiraj virion in povej v čem se razlikuje od celice
·       V čem se virus razlikuje od plazmida?
·       Kaj je profag?
·       Definiraj virusno gostiteljsko celico
·       Zakaj virusi lahko okužijo le specifične celice?
·       Učinki virusne infekcije na gostiteljsko celico
·       Primerjaj pripenjanje kompleksnih virusov (fagov) in živalskih virusov
·       Kaj se dogaja v posamezni fazi replikacijskega cikla živalskega virusa?
·       Kaj se dogaja v posamezni fazi replikacijskega cikla bakteriofaga?
·       Replikacija virusov – splošne značilnosti
·       Kaj definira  latentno obdobje?
·       Kaj definira  eklipso?
·       Katere vrste encimov vsebujejo virusi?
·       Koliko encimov vsebujejo virusi?
·       Primerjaj replikacijo nukleinske kisline živalskih RNA oz. DNA virusov
·       Opiši razmnoževanje retrovirusov
·       Kakšne so glavne lastnosti retrovirusov?
·       Kaj je reverzna transkripcija?
·       Kaj je pozitiven enoverižen RNA virus?
·       Kaj pomeni “prekrivanje genov” pri virusih?
·       Kaj je značilno za genom virusa gripe? Zakaj je težko pridobiti
ustrezno cepivo proti gripi?
·       Funkcija monoklonskih protiteles pri zaviranju virusnih infekcij
·       Funcija restrikcijskih encimov v bakterijskih celicah
·       Temperirani bakterijski virusi – lizogeni ciklus
·       Onkovirusi
·       Virusi in rakava obolenja
·       Onkogeni
·       Latentne virusne infekcije
·       Počasne virusne infekcije
·       Rastlinski virusi
·       Taksonomija virusov – kriteriji
·       Izolacija virusov
·       Identifikacija virusov
·       Gojenje živalskih virusov v laboratoriju
·       Primerjaj kolonijo in plaque
·       Kaj je “plaque forming unit”?
·       Viroidi
·       Prioni